RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|css|user_guide|.+\.gif$|.+\.jpe?g$|.+\.png$|.+\.js$|.+\.css$)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]

例えば 「http://localhost/hige/moja」がトップディレクトリ(=index.phpの置いてある場所)の時、

RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|css|user_guide|.+\.gif$|.+\.jpe?g$|.+\.png$|.+\.js$|.+\.css$)
RewriteRule ^(.*)$ /hige/moja/index.php/$1 [L]